
Действие происходит в 2014 году в Йокогаме. Два приятеля: Найс и Мурасаки открывают своё детективное агентство под названием «Hamatora». При этом их «офисом» служит столик в кафе Nowhere, где они ждут своих клиентов. Их старый знакомый, полицейский по имени Арт, нанимает их для расследования серии убийств, в ходе которого они обнаруживают, что все жертвы были «Держателями Минимума», людьми с особенными наследственными способностями. Из-за того, что Найс и Мурасаки сами являются «Держателями Минимума», они оказываются втянутыми в это дело, хочется им этого или нет.

Пятнадцать суперэлитных студентов были заперты в школе, и они вынуждены жить в этом изолированном сообществе. Монокума, черно-белый медведь, сообщает, что есть только одно специальное правило для студентов: только убийцы могут закончить школу. Чтобы сделать так, они должны убить другого студента и выйти сухими из воды. Испытание будет проводиться после того, как труп найден, и если преступник будет признан виновным, то он будет казнен, а игра продолжится. Если вина не будет доказана, то он получит высшее образование и свободу, в то время как остальная часть будет казнена…

Шел как-то выпускник Коёми Арараги в родной школе по лестнице, думал о своем, и тут, откуда ни возьмись, сверху на него падает красивая девушка. Так как полет ее был долгим, то Коёми успел узнать одноклассницу Хитаги Сэндзёгахара, по жизни нелюдимую и молчаливую. Подставив руки, парень напружинился, думая, что его впечатает в пол, но Хитаги оказалась не тяжелее… школьного учебника. И вскоре Коёми понял, что помалкивает Хитаги не из природной скромности, а потому, что характер больно крутой и резкий, а еще она очень быстро умеет доставать из воздуха колюще-режущие предметы из арсенала школьных канцтоваров.

События сего творения разворачиваются в наше время. В один из вечеров на голову главного героя падает космический корабль с красноволосой, человекоподобной особью неземного происхождения на борту. Главный герой дает пристанище инопланетянке у себя дома. Все последующие события развиваются на фоне съемок фильма, где инопланетянка играет главную роль. Мистика, комедия, романтика, люди в черном,- довольно интересное переплетение.

Недалёкое будущее. Япония стоит на грани финансового краха, правительство держится благодаря помощи Фонда национального благосостояния. Однако среди рядовых граждан царят бедность, безработица, самоубийства, преступность и отчаяние. 19-летнего Кимимаро после смерти матери и исчезновения отца вырастила его бабушка. Но однажды в его жизни появляется человек, который предлагает ему огромную сумму денег на условиях, что он должен ему будет их вернуть. И с этого момента судьба мальчика резко меняется, как только он входит в мистическую организацию "Финансовый район".

История в «Steins; Gate» разворачивается спустя год после событий «Chaos; Head».
Напряженный сюжет игры частью проходит в реалистично воссозданном районе Акахибара, в знаменитом месте шопинга отаку в Токио. Завязка сюжета такова: группа друзей монтируют в Акихибаре некое устройство для посылки текстовых сообщений в прошлое. Экспериментами героев игры заинтересовывается таинственная организация под именем СЕРН, которая так же занимается собственными исследованиями в области путешествий во времени. И теперь друзьям приходится приложить гигантские усилия для того, чтобы не быть захваченными СЕРН.

